国企员工工资的扣税方法遵循个人所得税法规定，具体计算公式如下：

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应纳税额 = （工资薪金所得 - “五险一金” - 个税起征点） × 适用税率 - 速算扣除数

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其中：

“五险一金”指的是社会保险和住房公积金，个人应承担的部分需要从工资中扣除。

个税起征点为每月5000元人民币。

适用税率和速算扣除数根据个人所得税法规定的税率表确定。

国企在每月或季度结束后的一定时间内，根据员工的工资明细和税务规定，计算每位员工的应纳税额，并向税务机关申报及缴纳相应的税款。