商家通常最怕以下几个部门的检查：

工商部门

工商管理部门负责监管商家的营业执照和运营过程，确保商家合法合规经营。如果商家存在违规或违法行为，可能会被工商部门处罚或取缔，对经济利益造成重大损失。

消费者协会（12315）

消费者协会保护消费者权益，消费者可以通过拨打12315投诉电话来维护自己的权益。如果投诉属实，商家可能会受到行政处罚。

税务局

税务局负责企业的纳税和账务处理，商家需要严格遵守税务法规。税务问题可能导致商家被罚款或限制营业。

城管部门

城管部门负责市容和环境管理，商家如果存在占道经营、乱摆乱放等行为，可能会被城管部门处罚。

食品药品监督管理部门

该部门负责食品安全和药品安全的监督管理，商家如果销售不合格食品或药品，将面临严厉处罚。

其他监管部门

根据不同的行业和业务性质，商家还可能面临其他监管部门的检查，如环保部门、质监部门等。

综上所述，商家最害怕的部门包括工商部门、消费者协会、税务局、城管部门、食品药品监督管理部门等。每个部门都有其特定的监管职责，商家需要遵守相关法律法规，确保合法合规经营，以避免不必要的麻烦和损失。