上海黑车的管理涉及多个部门，具体如下：

车管所：

车管所负责车辆的管理和注册，包括对非法运营车辆的查处。

公安交管局：

公安交管局及其下属的交警负责道路交通管理和执法，包括对黑车的查处。

道路运输管理机构：

根据《中华人民共和国道路运输条例》，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营，并处以罚款。

城市客运管理处：

市公用事业局下设的城市客运管理处负责正规出租车客运的管理。

运管部门：

包括交通运输管理处/局/所、道路运输管理处/局/所、城管等，负责运输行业的违法违章行为查处。

公安部门：

如果黑车涉及到刑事案件，则归公安刑警管。

总结来说，上海黑车的管理涉及车管所、公安交管局、交警、道路运输管理机构等多个部门。一般情况下，黑车由车管所和公安交管局负责管理，但如果涉及刑事案件，则归公安刑警管。此外，由于黑车运营存在举报奖励机制，举报人可能由专门的部门如城市交通执法大队负责诱捕黑车。