北京南城房价低的原因主要有以下几方面：

城市规划与产业发展

北京的城市规划主要集中在东边的朝阳区、北边的中关村科技园和未来科学城，以及高校云集的地区。相比之下，南城缺乏类似的高端产业支持，也没有形成类似CBD这样的商业和金融中心。

南城早期规划不足，道路多为斜路，基础设施落后，导致发展较为缓慢。尽管后来有所改善，但总体上仍然落后于其他区域。

教育资源

南城的教育资源相对匮乏，尤其是优质的名校较少，这使得该区域的吸引力不足，进而影响房价。

学区房的概念在南城也不如其他区域明显，进一步影响了家长和购房者的选择。

历史与市场定位

南城在历史上一直处于相对边缘的地位，缺乏像东西城那样的部委机关、海淀的教育高科技和朝阳的老工业区和使馆区商贸。这些因素共同导致南城的基础设施和商业发展较为落后。

南城的市场定位更多是作为交通枢纽和保障基地，而非高端商业和居住区，这也影响了其房价水平。

市场供需与投资者信心

受传统置业观念的影响，许多购房需求倾向于选择北部的房产，导致南城的二手住宅价格上涨幅度有限。

尽管南城在2015年出现了多宗高价地，但这些地块并未快速拉动二手住宅价格的上涨，显示出投资者对南城市场的信心不足。

综上所述，北京南城房价低的原因是多方面的，包括城市规划、产业发展、教育资源、历史与市场定位以及市场供需和投资者信心等因素。这些因素共同作用，使得南城在房价上相对处于劣势。