科三补考费的缴纳方式有以下几种：

驾校代缴

可以将补考费用交给驾校，由驾校统一办理缴纳手续，并索取相应的票据作为凭证。

车管所窗口缴纳

携带相关证件和补考通知单，前往当地车管所的缴费窗口办理。

在线平台缴纳

可以通过公安部互联网交通安全综合服务管理平台或手机交管12123app进行在线支付操作，并确认支付成功。

指定银行缴纳

携带相关证件和补考通知单，前往指定银行的柜台或自助终端机进行缴费。

建议选择上述方式之一进行缴纳，以确保补考费用能够顺利处理。