企业跨区迁移面临诸多困难，主要原因包括：

税收和奖励政策不平衡：

企业迁移后税收落在哪个区域是一个重要问题，同时各区具体的奖励政策不平衡也增加了迁移的难度。

政绩考核压力：

地方政府在政绩考核中可能会对企业迁移设置障碍，以保护本地经济和税收。

行政审批流程繁琐：

企业跨区迁移需要经过多个部门的审批，流程复杂且耗时，例如需要办理登记注册、税务、社保和公积金等多个事项的注销、变更、新设。

信息互通和协同不足：

迁移事项涉及多个部门，信息互通和协同不够，导致办事效率低下。

地方保护主义：

部分地区出于招商引资、GDP、税收等考虑，隐性或显性限制企业自由流动。

传统线下模式：

企业办理迁移登记仍以线下提交申请为主，跨部门表单重复填报、登记管理档案与相关文书资料邮寄传递等问题突出，导致迁移登记办理周期长、效率低。

税务迁移的复杂性：

企业税务迁移需要重新申请税务登记，可能涉及补缴税款，税务局不会轻易让企业离开，增加了迁移的难度和复杂性。

综上所述，企业跨区迁移面临的主要难点在于政策、行政、信息、地方保护主义等多方面的限制和繁琐的流程。为了解决这些问题，需要政府、企业和社会各方共同努力，简化流程、提高信息互通效率，并推动相关政策的改革和完善。