药房报税的具体流程如下：

纳税申报流程

每月纳税申报：药店需要每月按时向税务局申报销售额和纳税金额。

填写纳税申报表：根据实际销售情况，填写并提交税务局规定的纳税申报表，确保数据准确无误。

缴纳税款：根据申报表计算出的应纳税款金额，药店需要按时足额缴纳税款到指定的银行账户。

应纳税款计算方法

计算销售额：将药店的实际销售额进行统计，包括药品、保健品等商品的销售额。

确定适用税率：根据国家税收政策和药品的税收政策，确定适用的税率，一般为3%或者5%。

计算应纳税款：将销售额乘以适用税率，得出应纳税款金额，即为药店本月应缴纳的税款。

网上申报流程

填写申报表：利用“填写申报表”功能填写需申报的申报表。没有在地税部门做过税种登记的税种，网上不能申报；分主附表的，先填写并保存所有附表，然后打开主表进行编辑或直接保存。

正式申报：利用“正式申报”功能将已填写并保存过的申报表正式申报到地税征管系统。申报表正式申报成功后，不能再进行填写和修改。未正式申报或正式申报失败的申报表，其包含的税种按未申报对待。

网上划款：利用“网上划款”功能对正式申报的申报表进行开票，开票成功后，地税局会根据开票信息进行划款，纳税人可在一日后通过“网上划款”功能的实缴查询获取地税扣款信息。

申报查询、划款查询：正式申报及网上划款结束后应利用“申报查询”、“划款查询”进行申报查询、划款查询。确保需要申报的申报表都已经申报、划款成功。

打印申报表和完税证明：正式申报成功后，可以通过“申报查询”功能打印出申报表（纸张为A4纸）。扣款成功后，可以到开户银行打印完税凭证。

注意事项

税种核定：报税涉及到企业类型、申报期限以及税种核定。药店需要按照当地税务系统的要求进行税种核定。

无票收入：如果存在无票收入，需要按照相关税法规定进行申报。例如，增值税申报表需要填写相应的行次，未超过核定数按核定数填写，超过核定数按实际不含税填写。

个体户报税：个体户需要到当地税务机关进行登记注册，填写相关登记表和清单，并提交证明材料。个体户需要根据当年的生产经营所得计算应纳税额，并在规定时间内向税务机关缴纳税款。同时，个体户需要每个季度报送《增值税纳税申报表》和《所得税汇算清缴申报表》，并在每年年底报送《企业所得税年度纳税申报表》。

以上是药房报税的基本流程和注意事项，具体操作可能会因地区和税务政策的不同而有所差异。建议药店在报税前详细咨询当地税务局或专业的税务顾问，以确保报税流程的顺利进行。