南京单位认定工伤的时间主要依据《工伤保险条例》第17条的规定，具体如下：

单位申请工伤认定的时限

用人单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起 30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

特殊情况下的延长

若遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

职工或其近亲属、工会组织的申请时限

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起 1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

工伤认定结果的时间

社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起 60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。

如果认定为工伤，将颁发《工伤认定决定书》。

建议

用人单位应尽早提出工伤认定申请，以确保职工能够及时获得相应的工伤待遇和保障。

若用人单位未按时申请，职工或其近亲属、工会组织应及时向当地社会保险行政部门提出申请。

在申请工伤认定时，应提供真实、完整的证明材料，以便顺利获得工伤认定结果。