员工违约金应计入 营业外支出科目。这是因为违约金通常被视为与员工离职相关的费用，与企业日常活动无直接关系。在会计核算中，企业支付违约金时，应借记“营业外支出”科目，贷记“银行存款”等科目。同时，在处理违约金时，还需要考虑到税收等相关因素，以确保会计处理的准确性和合规性。