运输公司需要缴纳的税种主要包括：

增值税：

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，运输公司提供的交通运输服务属于增值税的征税范围，一般税率为11%，但具体税率可能会根据政策调整。

企业所得税：

作为企业法人，运输公司的所得需依照《中华人民共和国企业所得税法》缴纳企业所得税，通常税率为25%，但对于符合条件的小型微利企业，税率可能会有所降低。

印花税：

根据《中华人民共和国印花税暂行条例》，运输公司签订的财产租赁合同、货物运输合同等，需要按合同金额的一定比率缴纳印花税。

城市维护建设税：

作为增值税的附加税，根据增值税的一定比例缴纳。

教育费附加：

同样作为增值税的附加税，根据增值税的一定比例缴纳。

地方教育费附加：

某些地区可能会收取的教育附加费。

个人所得税：

对于公司制企业的员工，需要根据实际收入缴纳个人所得税。

房产税 、 土地使用税：

根据公司拥有的房产和土地面积缴纳。

车船税：

根据公司拥有的车辆和船只缴纳。

其他可能的税费：

包括固定资产投资方向调节税（已不适用）、土地增值税等。

请注意，税率和税种可能会随着国家政策的变化而变化，具体情况应以最新的法规为准。