云南疫情的原因主要可以归结为以下几点：

人口基数大

我国是人口大国，人口数目众多。要想通过疫苗达到群体免疫，使病毒在人群中无法大范围传播，需要至少80%的人口注射疫苗。然而，目前的接种率尚未达到这一水平，因此即使通过全民隔离实现了疫情控制，也可能随着复工复产的进行而重新爆发疫情。

地理位置特殊

云南位于边境地区，边境线漫长且复杂，很多小路通向境内各个村庄，人们往往一抬脚就出国了。这使得疫情在边境地区容易传播，并且控制难度较大。

境外病毒输入

最近瑞丽出现的本土新增病例，其新冠病毒全基因组序列与国内其他地方由输入导致的本土聚集性疫情的病毒基因组不存在关联性，说明病毒是通过人或物从缅甸输入的。这一发现再度给国内的疫情防控敲响了警钟。

综上所述，云南疫情的原因主要是人口基数大、地理位置特殊以及境外病毒输入。为了有效控制疫情，需要进一步加强疫苗接种、提高防控意识，并加强边境管控，防止病毒跨境传播。