企业发放工资并进行扣税的方法如下：

确认商业号码和开设扣缴账户

确认公司的九位数商业号码（BN），这是公司在税务局的“身份证”。

在公司账户中开设一个专门用于工资扣缴的账户（RP0001）。

准备员工资料

收集每个员工的社会保险号码（SIN）和TD1表格，这些是税务局扣税所需的基本信息。

计算扣税金额

使用税务局提供的在线计算器，输入员工的工资金额，计算出每项应扣的税款，包括个人所得税、社保、公积金等。

发放工资并代扣代缴

在发放工资前，企业应根据员工的所得进行核算，并在发放时进行代扣代缴。

代扣代缴的内容包括个人所得税、社保、公积金等。

申报和缴纳

根据公司规模，选择月缴或季缴的方式向税务局申报并缴纳扣税款项。

月缴：每月15号之前汇款。

季缴：每年1月、4月、7月、10月的15号之前汇款。

会计处理

计提工资时，确认相关费用，如管理费用—工资等，并贷记应付职工薪酬。

实际发放工资时，确认对应的个人所得税，并从实际发放的工资中扣减，同时贷记银行存款和应交税费—应交个人所得税。

缴纳社保和个税时，借记其他应付款—养老、医疗、公积金等和应交税费—应交个人所得税，贷记银行存款。

注意税务规定

根据《个人所得税法》，个人应于取得所得时缴纳个人所得税，因此，补发工资应于补缴当月缴纳个人所得税。

各地有具体规定，补发的工资应当分摊到所属月份与原工资合并计算扣缴个人所得税。

通过以上步骤，企业可以合法、合规地发放工资并进行扣税。建议企业定期检查和更新相关流程，确保符合最新的税务规定。